Do chính sự rối ren, lòng dân oán hận, nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân và ly khai của các hào trưởng địa phương nổ ra.

Năm 1192 người giáp Cổ Hoằng ở Thanh Hóa làm phản. Năm 1198 người hương Cao Xá ở Câu Diễn là Ngô Công Lý cùng với người châu Đại Hoàng là Đinh Khả tự xưng là con cháu của Đinh Tiên Hoàng nổi loạn.

Tháng 7 năm 1203, vua nước Chiêm Thành là Bố Trì lập mưu tới cửa biển Cơ La, giả cách xin nhà Lý cho nương tựa. Sau đó, Bố Trì giết chết trấn thủ cửa biển, cướp bóc Nghệ An, rồi đem quân về nước.

Tháng 9 năm 1203 có cuộc nổi loạn của 2 người Đại Hoàng Giang là Phí Lang và Bảo Lương trước đây đã tâu các tội mọt nước hại dân của Đàm Dĩ Mông, bị người này đánh, sinh lòng oán hận. Hai người này nhân khi rối ren liền làm phản. Vua sai Trần Lệnh Hinh làm Nguyên soái và Thượng thư Từ Anh Nhữ đem quân từ phủ Thanh Hóa tiến đánh Phí Lang xong bị thua, cả hai tướng đều bị giết; đến tháng 1 năm sau lại sai Đỗ Kính Tu đi đánh nhưng vẫn tiếp tục bại trận. Đến năm 1207 lại tiếp tục có cuộc nổi loạn của người Man ở núi Tản Viên, thanh thế rất lớn.

Thời kì này, nhà Tống còn xua quân sang xâm nhiễu biên giới Đại Việt khiến nhân dân phải chạy loạn "vô cùng khổ sở".

Gian thần Phạm Du

Tháng 3 năm 1207, hào trưởng ở Hồng Châu (Hải Dương và Hải Phòng) là Đoàn Thượng, Đoàn Chủ nổi dậy, xây đắp thành lũy, xưng vương hiệu. Cao Tông phái rất nhiều quân đi đánh Hồng Châu. Đàm Dĩ Mông đem quân đạo Đại Thông (miền Hà Đông cũ dọc sông Đáy), Phạm Bỉnh Di đem quân đạo Khả Liễu, Trần Hinh đem quân đạo Phù Đái (Vĩnh Bảo, Hải Phòng), Bảo Trinh hầu đem quân đạo Nam Sách (Nam Sách, Hải Dương), cùng họp nhau đánh Đoàn Thượng. Thấy thế lực quân triều đình quá mạnh, Đoàn Thượng liền ngầm sai người đem của cải đút lót cho Thượng phẩm phụng ngự Phạm Du, nguyện xin đem quân chúng theo Du. Cuộc liên minh giữa Thượng và Du bắt đầu từ đó. Phạm Du cố vì Thượng mà xin với Cao Tông tha cho.

Đầu năm 1209, Cao Tông sai Phạm Du coi việc quân ở châu Nghệ An. Bấy giờ miền này đang đói lớn, số người bị chết đói rất nhiều. Những người còn sống sót cũng bị phá sản, lưu vong. Nhân cơ hội ấy, Phạm Du nói với vua rằng:

“ Nay thiên hạ rối loạn, bọn gian tặc nổi lên khắp nơi... xin cho phép tôi được tuyển bọn trai tráng để tự đề phòng, mới mong khỏi lo tai họa. ”

Vua bằng lòng. Phạm Du bèn chiêu tập những người vong mệnh ngang nhiên đi khắp các nơi. Từ đó đường đất bị cắt đứt, thuyền bè không đi lại được. Cao Tông thấy tình hình nguy khốn liền sai Phạm Bỉnh Di lấy quân ở Đằng Châu (thị xã Hưng Yên) để đánh Phạm Du. Du trở về Cổ Miệt cùng với Đoàn Thượng, Đoàn Chủ ở Hồng Châu hợp binh làm phản triều đình, đánh Đằng Châu. Bỉnh Di bị thua.

Tháng 2 năm 1209, Bỉnh Di lại đem binh ở Đằng Châu, Khoái Châu đi đánh Du. Phạm Du thua trận bỏ trốn. Bỉnh Di tịch biên gia sản của Du rồi đốt hết.

Tháng 4 năm 1209, Phạm Bỉnh Di đánh tan quân Đoàn Thượng. Phạm Du ngầm sai người về kinh đút lót cho bọn quan lại trong triều, nói rằng Bỉnh Di tàn ác, giết hại người vô tội và kể lể tình oan, xin về kinh đợi tội. Cao Tông sai Trần Hinh triệu Phạm Du về kinh, lại triệu cả Bỉnh Di về triều. Phạm Du về kinh trước hầu Cao Tông, được vua tin cẩn; Bỉnh Di đến kinh sau, vào triều phụng mệnh. Cao Tông sai bắt Bỉnh Di và con là Phụ giam ở Thủy Viên, toan làm tội.

Loạn Quách Bốc

Tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc nghe tin đó, đem binh lính phá cửa Đại Thanh kéo vào nội điện để cứu chủ. Du cùng em là bọn Phạm Kinh giết Bỉnh Di và con của Bỉnh Di là Phụ rồi cùng Cao Tông chạy trốn.

Quách Bốc liền tôn hoàng tử nhỏ là Thầm lên làm vua. Cao Tông chạy về Tam Nông (Phú Thọ) nương nhờ nhà Hà Vạn, một thủ lĩnh miền thiểu số có thế lực. Thái tử Sảm cùng mẹ là Nguyên phi Đàm thị và hai em gái chạy về Hải Ấp, Thái Bình dưới quyền cai quản của Trần Lý.

Sảm chạy trốn đến ở nhà Trần Lý, tôn xưng là Thắng Vương, lấy con gái Lý là Trần Thị Dung làm vợ, phong cho làm phi. Lý Sảm lại phong cho Trần Lý tước Hải Minh Tự, chức vụ Chinh Bắc Đại Nguyên Soái, lĩnh binh lên bắc thảo phạt Quách Bốc. Em vợ Trần Lý là Tô Trung Từ (cậu Thị Dung) bấy giờ đang làm Tổng Binh Phủ Thiên Trường cũng được phong làm Điện tiền Chỉ huy sứ, Phạm Kính Ân được phong Thượng Phẩm Phụng Ngự, người thân tín đều được phong chức phong quan.

Trần Lý là gia chủ họ Trần, nhận được tước phong lập tức phát động dòng họ mộ binh bị chiến. Họ Trần uy vọng rất cao ở khắp vùng Hải Ấp, trai tráng nghe lời mộ mà nuòm nượp đến tòng quân. Tô Trung Từ làm Tổng Binh Thiên Trường Phủ cũng có trong tay mấy vạn quân, hai người hợp binh lên đến gần chục vạn người, lại lấy danh nghĩa Lý Sảm phát chiếu thảo phạt nghịch tặc, kêu gọi đồng minh rầm rộ tiến lên Bắc đánh Quách Bốc.

Biết tin Thái tử Sảm lập triều đình riêng và tự ý phong tước cho Trần Lý, Tô Trung Từ, Phạm Ngu... nên vua Lý Cao Tông ở Quy Hóa muốn đánh dẹp, bèn sai Phạm Du đi để liên lạc với họ Đoàn (Đoàn Thượng, Đoàn Văn Lôi) ở vùng Hồng. Nhưng Du lại ham sắc, tư thông với công chúa Thiên Cực, nên lỡ hẹn với họ Đoàn. Khi Du lên thuyền đi gặp họ Đoàn, tới Ma Lãng thì bị đồng minh bấy giờ của họ Trần là lính dưới quyền hào trưởng Bắc Giang Nguyễn Nậu và Nguyễn Nải đón bắt và giết chết.

Trần Lý và Tô Trung Từ mang quân đánh về kinh thành dẹp Quách Bốc. Cuối năm 1209, loạn Quách Bốc bị dẹp, Trần Lý tử trận, Tô Trung Từ đón vua Cao Tông về cung. Do Phạm Du đã chết mà thế lực Trung Từ mạnh nên vua Cao Tông buộc phải dựa vào Trung Từ. Đàm Dĩ Mông trước đã hàng phục Lý Thầm và Quách Bốc vẫn không bị trị tội, được làm chức thái uý.

Sử sách chép không rõ về kết cục của Quách Bốc, Lý Thầm. Toàn thư ghi đại lược: "Trừng trị bọn Quách Bốc làm loạn, xử tội theo mức độ khác nhau". Cương mục cũng ghi vắn tắt: "Vua xét tội tùy theo nặng nhẹ có sai biệt". Sách Việt sử Tiêu án không đề cập tới việc xử tội phe Quách Bốc. Các nhà chuyên môn nhận định không có tài liệu nào nói tới việc bắt hay giết Quách Bốc, Lý Thầm.

Ngày 28 Nhâm Ngọ, năm Canh Ngọ (tức 15 tháng 11 năm 1210), Cao Tông mất ở cung Thánh Thọ, ủy thác cho Đỗ Kính Tu việc triều đình. Cao Tông thọ 38 tuổi.

Thái tử Sảm lên ngôi, tức là Lý Huệ Tông. Tình hình trong nước ngày càng rối ren hơn, được hơn 10 năm thì nhà Lý mất về tay họ Trần (1225).